Le projet de l'IFMKR est de former des professionnels compétents, autonomes et responsables vis-à-vis des patients qu'ils prendront en charge. Les compétences à acquérir durant cette formation initiale sont diverses : connaissances en anatomie, physiologie, pathologie, etc., connaissances en évaluation et en ingénierie (élaboration du diagnostic et conception du projet thérapeutique), compétences techniques, gestes professionnels spécifiques et compétences relationnelles.
La formation se déroule sur trois ans et alterne des périodes de formation théorique et pratique à l'IFMKR (cours magistraux, travaux pratiques et dirigés, tables rondes, etc.) et des périodes de formation clinique sur des terrains de stage agréés par la DRASS, ainsi que des stages en libéral.